Sebagai tindak lanjut dari keberhasilan Komandemen TKR Jawa Barat dan Kantor Penghubung TKR Jakarta, pada minggu ketiga bulan Desember 1945, Pemerintah Republik Indonesia mengadakan Konferensi Besar di Yogyakarta. Presiden dan Wakil Presiden, serta pucuk Pimpinan TKR, memberikan penjelasan dan pengarahan kepada Panglima Komandemen dan Komandan Divisi se-Pulau Jawa, tentang tindak-lanjut kerjasama Misi Internasional dengan pihak AFNEI (Sekutu), dalam penanganan pemulangan tentara Jepang dan evakuasi APWI secara menyeluruh.
Berdasarkan hasil Konferensi Besar di Yogyakarta, pihak Pemerintah Republik Indonesia menunjuk Letnan Jenderal Oerip Soemohardjo, diserahi tugas untuk mempersiapkan Komando Operasi Misi Internasional itu. Kemudian pada tanggal 24 Desember 1945 dan pada tanggal 14 Januari 1946, diadakan perundingan, antara Jenderal Mayor Sudibjo dengan pucuk pimpinan Markas Besar AFNEI (Sekutu) di Jakarta.